小麥種子、幼芽、幼苗、成株根系、莖葉和穗部均可受害，以根部受害最重。潮濕時病部均可產生黑灰色霉狀物。播種后種子受害，幼芽鞘受害成禍色斑痕，嚴重時腐爛死亡。根部受害產生褐色或黑色病斑，植株莖基部出現色條斑，嚴重時莖折斷枯死，或雖直立不倒，但提前枯死。枯死植株青灰色，白穗不實俗稱“青死病”。拔起病株可見根毛和主根表皮脫落，根冠部變黑并粘附土粒。病斑初為校形小斑，后擴大成長圓形或不規則形斑塊，邊緣不規則，中央淺褐色至枯黃色，周圍深綠色，有時有褪綠暈。病斑褐色，小長方形或圓形及不規則形，嚴重時病節以上部位枯死。穗部發病在穎殼基部形成水浸狀斑，后變褐色，表面敷生黑色霉層，穗軸和小穗軸也常變褐腐爛，小穗不實或種子不飽滿。在高溫條件下，穗頸變褐腐爛，使全穗枯死或掉穗。麥芒發病后，產生局部褐色病斑，病斑部位以上的一段芒干枯。種子被侵染后，胚全部或局部變褐色，種子表面也可產生梭形或不規則形暗褐色病斑。
小麥根腐病易防難治，應以預防為主，發現病株后及時用藥治療。可以在發病初期，選用12.5％烯唑醇可濕性粉劑2500-3000倍液，或25％丙環唑乳油3000倍液，或50％甲基硫菌靈可濕性粉劑1000～1500倍液，隔10-15天再噴一次，可控制葉部病害發展，防病增產效果較好。此外，磷鉀肥配合施用，可以改善土壤結構，促進小麥健壯生長，提高植株抗病能力。播前選用6％戊唑醇懸浮種衣劑50mL，或2.5％咯菌腈懸浮種衣劑20mL，或15％多·福懸浮種衣劑150mL拌種是預防該病的最有效措施。
主要以菌絲體潛伏在種子內和病殘體中越夏、越冬，種子表面也可攜帶病原菌分生孢子，散落于土壤中的分生孢子也能休眠越冬或越夏。病原菌在種子中可存活多年。小麥播種后，種子和土壤中的病菌侵染幼芽和幼苗，造成芽腐和苗腐。越冬或越夏病殘體新產生的分生孢子，上一季殘留的分生孢子亦可隨氣流或雨滴飛濺傳播，侵染麥株地上部位，產生葉斑和葉枯。在生長季節內發病部位產生分生孢子，借風雨傳播，發生多次再侵染，病部逐漸上移，最后侵染穗部和種子。
