小麥莖基腐病被稱為小麥的“癌癥”，該病一旦發生，可使小麥分蘗減少、植株矮弱、穗粒數減少、粒質量降低，并易形成白穗，基本無產量。小麥莖基腐病的田間癥狀主要包括爛種和死苗、莖基部褐變、白穗三大類，病害田間癥狀發生始期在4月上中旬，植株表現葉尖變黃、植株枯死、白穗現象，枯死植株葉鞘基本正常，葉鞘無云紋狀斑塊，莖稈基部第一和第二節變褐、腐爛，發病部位有白色或紅色粉狀物，剖開葉鞘內部有灰白色菌絲充滿。

(1)農業防治：不同品種的小麥具有不同的莖基腐病抗病能力，應根據土壤肥水條件、播期、茬口安排、管理水平合理選擇，避免選用不抗倒春寒的半春性及春性品種；進行合理的輪作與倒茬，可將小麥與油菜、棉花、豆類、蔬菜等雙子葉作物進行輪作、倒茬，一般2～3年進行1次；控制小麥的播期與播量，進行壯苗培育，以減少冬前小麥莖基腐病病原菌侵染的機會；加深耕層，在前茬作物收獲后，及時深耕25~30cm，進行精耕細耙以提高整地質量；科學施肥與適時澆水，以增強小麥植株的抗病能力，從而達到防治小麥莖基腐病的目的；對于零星發病麥田，可將患小麥莖基腐病的植株帶出并進行集中銷毀。對于發病嚴重的麥田，秸稈不能直接還田，應進行過腹還田或堆漚還田，從而減少土壤中的小麥莖基腐病病原菌數量。

(2)化學防治：可使用3%苯醚甲環唑、25g/L咯菌腈或2%戊唑醇懸浮種衣劑進行種子包衣或拌種，以減輕小麥莖基腐病病害的發生；對于小麥莖基腐病發病嚴重的麥田，在進行整地時可使用三唑酮顆粒劑或50%多菌靈可濕性粉劑處理土壤，以消滅土壤中的小麥莖基腐病病原菌；對于年前已經發病的麥田，應在翌年小麥返青至拔節期間，結合噴施1～2次可防治紋枯病等病害的井岡霉素、戊唑醇、烯唑醇或50%多菌靈進行防治，在噴施過程中藥液應重點噴在小麥的莖基部；在小麥抽穗揚花期，加施1次可防治赤霉病、白粉病、蚜蟲等病蟲害的藥劑進行綜合防治。

影響發病的因素包括小麥品種、種植方式、耕作制度、氣候條件和土肥狀況：

(1)半春性及春性品種小麥在春季拔節較早，若此時遇到低溫寒流天氣，小麥嫩莖容易受凍，導致其抗病能力下降，從而有利于莖基腐病的發生。播種早、播量大、播種深的麥田田間通風透光不良，也會導致小麥莖基腐病的發病概率增大，病株率升高。此外，連作或連年將病害秸稈直接還田也會使土壤中的菌源逐年增加，為病害的侵染循環創造有利條件，使麥田的發病嚴重。

(2)溫度的高低和降水量的大小都會影響小麥莖基腐病發生的速度。當遇到干旱、陰冷、秋冬寡照、春季階段性溫度變化劇烈等情況時，小麥的生長受到影響，更容易受到病原菌侵害。因此，若小麥在冬春遭遇干旱或倒春寒，麥田中小麥莖基腐病的發病就嚴重。此外，小麥莖基腐病的病原菌喜高濕度，若土壤濕度過高便容易發病。一般情況下，黏土地、地勢低洼和排水不良的麥田小麥莖基腐病的發病較嚴重。在小麥種植過程中若出現氮肥施用過多、種植土質貧瘠或肥水不足等也會進一步加重小麥莖基腐病的發生。