僅在抽穗揚花期顯癥，侵染穗部穎殼。發病初期，上部小穗穎殼尖端或側面產生橢圓形小斑點，后逐漸擴大至谷粒大部或全部。病斑初期為鐵銹紅，逐漸變為黃褐色、褐色，水稻成熟時變為黑褐色，局部病穗有白色的霉層。發病早而重的稻穗不能結實，發病遲的則影響谷粒灌漿充實，千粒重明顯降低。
(1)農業防治：①處理田間癟谷，最好燒作灰肥以減少病菌來源。 ②加強肥水管理，避免偏施過施遲施氮肥，增施磷鉀肥；適時適度露曬田使植株轉色正常，穩健生長延長根系活力防止倒伏。
(2)化學防治：①種子處理：播種前可以1%石灰水浸種消毒。 ②藥劑防治：選用50%多菌靈或70%甲基托布津，在始穗和齊穗期各噴一次，必要時在灌漿乳熟前加噴一次。另外根據天氣預報掌握抽穗前風雨到來前或后噴藥1次，可減輕發病。
病菌以菌絲體在病殘體如稻樁或種子內越冬或越夏；靠氣流傳播進行初侵染，分生孢子靠雨水傳播再侵染。主要在水稻孕穗后期-抽穗揚花期侵染，灌漿-黃熟期均可顯癥。如此時期遇上適宜病害發生的氣候條件(高溫25-33oC、陰雨高濕)，則有利病害蔓延流行，危害加重。采用密植、直播、拋秧等栽培方式有利于穗腐病的發生。
